Для переноса продуктов, покупателей и заказов существует приложение Cart2Cart Store Migration App.

Есть интересная статья о причинах миграции на Shopify крупного продавца (на английском). Но если тезисно:

1. Безопасность данных
2. Скорость исправления ошибок платформы
3. Качество программирования магазина (не платформы)
4. Слишком дорогая поддержка
5. Не всегда легко установить приложения
6. Невозможность оплатить покупки из-за недоступности сервера